Na zijn specialisatie werd Stefaan Bergé staflid van de afdeling Mondziekten, Kaak- en Aangezichtschirurgie van de Friedrich-Wilhelm Universiteit in Bonn, Duitsland (1997-2005). In 2000 promoveerde hij aan dezelfde universiteit en twee jaar later beëindigde hij zijn bijkomende kwalificatie voor facial plastic reconstructive surgery aan de Friedrich-Wilhelm Universiteit. Vanaf dat jaar deed hij verschillende klinische en experimentele studies over de prenatale diagnostiek en de mogelijkheden van foetale chirurgie voor het begeleiden en behandelen van lip-, kaak- en gehemeltespleten. Dit resulteerde in 2003 in een venia legendi (‘habilitation’) aan de Friedrich-Wilhelm Universiteit.

In 2005 werd Bergé benoemd tot hoogleraar en hoofd van de afdeling Mond-, Kaak- en Aangezichtschirurgie van de Radboud Universiteit. In datzelfde jaar richtte hij het 3D-Lab Nijmegen op. Daar realiseerde hij voor meer dan drie miljoen euro aan investering en research funding. Het 3D-lab wordt inmiddels over heel Nederland uitgerold.

Bergé heeft meer dan 160 peer-reviewed publicaties op zijn naam staan. Daarnaast publiceerde hij diverse boekbijdragen en verzorgde hij ruim 300 internationale lezingen. Hij was promotor van 17 proefschriften. Bergé won verschillende internationale prijzen.