Eddy Becking studeerde Tandheelkunde in Groningen en Geneeskunde in Amsterdam (VUmc); tussendoor (1988-1992) werd hij opgeleid tot MKA-chirurg in het VU-ziekenhuis in Amsterdam. Vanaf dat moment heeft hij zich beziggehouden met groei- en ontwikkelingsstoornissen. Zijn promotie in 1998 betrof eveneens orthognatische chirurgie; die interesse is altijd gebleven.

Vanaf 1992 heeft hij een aanstelling (aanvankelijk voltijds en vanaf 2001 deeltijds) in het VUmc, resp. AMC en het huidige Amsterdam UMC. In 2011 is hij in voor het AMC, ACTA en UvA benoemd tot hoogleraar groei- en ontwikkeling op MKA-gebied. Vanaf 2001 tot 2024 was hij tevens werkzaam als MKA-chirurg in Haarlem (Spaarne Gasthuis sinds 2020 in het ZBC MKA Kennemer en Meer). Zijn praktijkvoering bestond (en bestaat) vrijwel uitsluitend uit chirurgische orthodontie en orthognatische chirurgie. De samenwerking met Sandy, zowel in patiëntbehandelingen als in onderwijs is gedurende die tijd ontwikkeld. De samenwerking beslaat nog altijd het tweejaarlijkse BSSO-congres in Haarlem.

Tot zeer recent was Eddy opleider voor de specialistenopleiding MKA in het Amsterdam UMC. Momenteel is hij voorzitter van de NVMKA, lid van het bestuur van de IAOMS en voorzitter van het wetenschappelijke comité voor het tweejaarlijkse Europese MKA congres (EACMFS) in 2028 in Amsterdam. Naast patiëntenzorg houdt zich vooral bezig met wetenschappelijk onderzoek, hij is ’visiting’ professor aan de Universidad Interacional Cataluna en betrokken bij onderwijs op orthognatisch gebied in het Verenigd Koninkrijk, Spanje en Indonesië. Hij is veelvuldig spreker op internationale congressen en cursussen op het gebied van orthognatische chirurgie, asymmetrieën, planningen en complicaties.